Kabupaten Biak Numfor merupakan kabupaten yang terletak di kepulauan dan terbentuk atas gugusan batuan karang yang senantiasa bergerak secara alami.

Letak geografis Kabupaten Biak Numfor antara 134Ý47Ý - 136Ý45Ý Bujur Timur dan 0Ý55Ý sampai 1Ý27Ý  Lintang Selatan.

Kabupaten Biak Numfor merupakan kabupaten kepulauan di Provinsi Papua yang terdiri dari 3 (tiga) pulau besar   yaitu : Pulau Biak (1.833,86 km2), Pulau Supiori (437,11 km2) dan Pulau Numfor (331,26 km2) serta 41 buah pulau kecil lainnya diantaranya pulau-pulau Padaido dan Pulau Mapia. Luas Kabupaten Biak Numfor seluruhnya 4.010 km2 dengan luas daratannya adalah 2.602,23 km2.

Batas-batas Kabupaten Biak Numfor:

• Sebelah Utara berbatasan dengan Lautan Pasifik
• Sebelah Selatan berbatasan dengan Selat Yapen
• Sebelah Timur berbatasan dengan Lautan Pasifik
• Sebelah Barat berbatasan dengan Selat Womai.

Kondisi Tanah.

Kepulauan di wilayah Kabupaten Biak Numfor terbentuk dari batu karang metamorfik (filit, kuartit dan chrit) sebagai bagian dari lempengan Pasifik yang terdesak tanggul-tanggul Baltik. Sebagian besar jenis tanah di daerah ini adalah renzina dan mediteran, dan sebagian kecil regosol di daerah pantai. Hampir sebagian besar di daerah ini terbentuk dari bahan induk batuan kapur.
Di daerah pesisir pantai terdapat jenis tanah regosol/alluvial dan litosol, yang tidak memiliki tingkat kesuburan yang baik, karena didominasi oleh tekstur pasir dengan solum tanah yang relatif dangkal. Tanah regosol kebanyakan ditumbuhi tanaman kelapa.
Di daerah pedalaman dan perbukitan seperti di wilayah Biak Utara, Biak Barat ataupun Yendidori terdapat jenis tanah litosol dan mediteran coklat merah dan merah kuning. Tanah ini memiliki kesuburan rendah, karena memiliki solum dangkal dan kandungan unsur hara rendah. Tanah mediteran terdapat hanya di bagian cekung dan agak datar. Daerah dataran tinggi umumnya terdapat jenis renzina, sebagian kecil mediteran merah kuning dan regosol. Tanah renzina memiliki tingkat kesuburan yang baik dan kaya akan kandungan organik.

Iklim dan Cuaca.

Sesuai dengan struktur geografisnya yang berhadapan dengan Samudra Pasifik, maka Kabupaten Biak Numfor merupakan daerah yang memiliki iklim tropis (Tropical Rain Forest), selain itu pula antara musim hujan dengan musim kemarau sangat sulit dibedakan dengan jelas. Berdasarkan data tahun 2004, suhu maksimum berkisar antara 30,50 Celcius, suhu minimum rata-rata 23,90 Celcius. Rata-rata suhu harian 27,20 Celcius. Kelembaban udara rata-rata 86%. Kabupaten Biak Numfor dapat digolongkan sebagai daerah yang cukup basah. Curah hujan rata-rata 2,228 mm per tahun.